3. 导入数据

Dragonfly可导入各种常见图像数据文件,包括标准的图像文件,原始数据,TIFF序列,以及多种商业软件使用的格式。这些文件可以从本地或网络存储设备导入,也可以从CD/DVD、USB移动存储设备导入。

对于三维体数据,Dragonfly支持以下的文件格式(请注意同样的后缀名在其它软件中可能有其它格式):

图像序列(后缀名为.tif, .tiff, .jpeg, .jpg, .png, .bmp, .dib等):图像序列为一系列的二维图像,每个二维图像代表三维空间中的一层(故又称为切片、层面、断层)。注意:每层的二维图像必须具有相同的大小和类型,才能形成一个可以进行体绘制的三维图像。

三维TIFF格式 (后缀名为.tif, .tiff):这种格式与图像序列不同,因为一个三维TIFF文件可以保存整个三维的数据。多数三维TIFF格式包含的是单个三维图像,也有些软件可以在一个三维TIFF文件里面打包放入多个三维图像。

原始RAW格式(后缀名为.raw 和 .pic):基本的数据格式,图像以原始像素点(体素点)的方式保存,没有文件头。其它软件的RAW文件可能会带有文件头,如果要导入这样的RAW文件,可以设置忽略头部的N个字节(N需要事先知道)。

DAT格式 (后缀名为.dat):和RAW文件配合使用的头文件,用文本格式描述图像的大小类型等信息,不包含像素点/体素点本身的二进制信息。其它软件的.dat文件可能有其它含义。

Analyze格式 (后缀名.hdr配合.img文件):由Mayo Clinic发布,作为同名软件Analyze使用的专属格式。这种格式使用一个HDR头文件,原始数据保存在IMG文件里。请注意这种格式有多个版本,Dragonfly仅支持Analyze 7.5版。

MRC格式(后缀名.mrc):由MRC (Medical Research Council) 分子生物学实验室发布,Cryo-EM的通用文件格式,表示电子密度的分布。

REK格式(后缀名.rek):Fraunhofer发布的文件格式。

TXM格式(后缀名.txm):ZEISS Xradia 三维X射线显微镜使用的文件格式。Dragonfly Pro支持TXM文件(unsigned char, unsigned short integer, or float)。请联系ORS公司以获得更多关于Dragonfly Pro的信息。

ORSObject格式(后缀名.ORSObject):Dragonfly专属的格式,头信息由XML格式写入,二进制数据随后。

3.1. 导入图像文件

Dragonfly的图像加载器(Image Loader)是一个向导,即通过一系列的对话框来帮助用户导入图像文件。此外还提供了两个实用工具:预览和裁剪。

第一步是通过“导入数据集”的对话框来选择需要导入的文件,如下图:

Images/Import%20Datasets/ImportData_01.png

导入数据集对话框

注意:Dragonfly提供了两个不同的加载器- 图像加载器(Image Loader)和表面模型加载器(Mesh Loader)。在首选项设置中可以设置默认的加载器为其中之一,或者不设置默认加载器。如果设置默认加载器为图像加载器,那么Dragonfly软件在启动的时候即自动打开图像加载器对话框。

3.2. 图像预览

在导入数据集对话框里点击”预览(See Preview)”按钮,可以打开预览窗口。注意不是所有数据类型都可以打开预览,例如raw数据就不能进行预览(因为没有给加载器提供足够多关于图像的信息)。不过,如果raw数据有dat头文件,通过dat文件来导入图像的话,就可以看到预览。

标准图像预览

下图是主要标准图像文件(例如TIFF,BMP,JPEG等)的预览。如果图像本身比预览窗口大,则会按比例进行缩小,但纵横比会保持。

Images/Import%20Datasets/ImportData_02.png

标准图像预览窗口

3.3. 图像剪裁

在导入数据集对话框中点击“剪裁(Crop)”按钮,可以对原始图像进行局部剪裁,导入关注的区域而忽略其它区域。